Diversas indústrias exigem um alto grau de purificação da água utilizada no processo que deve estar livre de qualquer contaminação. Para atingir tal nível de exigência, a aplicação contínua de ozônio garantirá a eliminação completa de carga microbiana e elementos químicos que podem contaminar o produto final. Tal situação é muito comum na indústria farmacêutica que necessita de um controle muito minucioso dos insumos utilizados no processo de produção dos medicamentos de modo a garantir a qualidade do produto final.